应用脑脊液二代测序技术诊断中枢神经系统病毒感染

日期:2017-09-30 12:04:28 作者:
第五届北京罕见病学术大会暨2017京津冀罕见病学术会议征文(27)
北京协和医院神经科,华大基因研究院
关鸿志 吕遐 朱以诚 申奥 张印新 宫艳萍 倪培相 吴红龙 彭斌 崔丽英
【摘要】
目的:二代测序技术(next-generation sequencing, NGS)是相对于第一代DNA测序技术而言的新型测序手段,其特点是高通量、无偏倚,可以同时测定几百万条DNA的序列,实现快速的全基因组测序。由于临床实验室检测方法的局限,目前超过一半的CNS感染病例最终都无法明确诊断。而应用NGS对脑脊液的全部核酸系列进行检测,理论上可以实现“全病原体”检测。我们应用NGS技术对71例疑似CNS感染患者的脑脊液进行检测。
方法:临床样本处理。提取脑脊液中的核酸和建立DNA扩增文库。基因文库测序。识别并排除人源性序列后,进一步使用SNAP比对核酸来识别病毒、细菌、真菌和寄生虫的基因序列。通过PCR测序验证。
结果:根据唯一Read 数、比例、覆盖度和深度等参数,17例脑脊液NGS病原体基因阳性,高度提示特殊感染,分别为病毒6例(HSV-1型5例,HSV-2型1例,VZV1例)、真菌4例(新型隐球菌3例,高特隐球菌1例)、细菌6例(包括李斯特菌、布鲁氏杆菌和不动杆菌)、寄生虫1例(猪绦虫)。总体阳性率为23.9%。16例经过后续的PCR、细菌学与血清学检测确诊,与NGS结果一致,全部17例经治疗与随访显示NGS结果与临床过程相符。
结论:二代测序测得的脑脊液病原体基因信息包括:唯一Read 数、比例、覆盖度等参数,可作为结果判定的主要依据。脑脊液NGS可用于CNS特殊感染的病原体的筛查诊断。


版权所有©2014北京医学会罕见病分会 icp:13029982号
Copyrigh©2014 All Rights Reserved 技术支持:云邦创想
网站首页 | 关于分会 | 下载中心 | 联系我们 |
分享到